Nintendo IOS(Input Output System)其實就是一系列的驅動程式集，作用是操縱Wii的硬體，比如手柄，平衡板等等。隨著系統的硬體升級和新遊戲的推出，Nintendo需要安裝新的IOS來支援新遊戲和新硬體。但是舊的IOS還是繼存在系統中，而不是被新IOS覆蓋，因為舊的遊戲需要他們。
這樣的軟體架構所造成的問題就是，隨著系統的不斷升級，最後Flash資源將被用盡。目前Flash容量大約在512MB左右，用了大約100多MB,所以剩餘空間還是很大。Wii大約有20個左右不同的IOS。每個遊戲都需要使用其中的一個IOS。比如Rock Band出來的時候，光碟上就有IOS37來支援USB的樂器外接。IOS249裡面還有DVDx的驅動，原本是用來播放DVD用的，但是Nintendo並沒有使用他們，卻被hacker用來運行備份光碟了。IOS30是被系統選單使用的，如果對他操作不當的話，就全磚了，所以很危險，不要輕易改變他。
CIOS(Custom input output system)是打在原有的IOS上的補丁，用來運行備份光碟. 有一些天才的駭客如Wiigater，Wanikokod等利用反向工程，反匯編IOS，找出其中的破綻，寫了這些補丁程式，這樣backup launcher 這樣的loader就可以利用IOS249＋補丁程式來運行任何備份光碟了。
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